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肠道紊乱通常会引发肚疼、腹泻等病症，这与肠道微生态平衡的破坏相关。有研究表明，与肠道固有微生物的耐性降低有关的免疫系统功能的失调可导致慢性肠炎疾病。潜在的病变(如慢性肾脏疾病)和胃酸缺乏将导致小肠细菌过度繁殖，从而造成有害微生物大量滋生。摄入不可消化的食物(如具有乳糖不耐症者摄人乳糖)会给肠内微生物生长提供发酵底物，有时会带来有害影响。有关益生菌改善肠道的临床实验表明益生菌可起到降低某些肠道疾病的发生率、持续时间及其病情严重性的效果。
2.2抗癌功能有研究表明益生菌具有阻碍结肠和其它器官中发生的非基因型和基因型突变的功能，其机理是益生菌或其代谢副产物通过影响结肠上皮细胞的变化历程，从而降低癌细胞增殖。2.3免疫功能人体免疫系统的功能失调将带来健康问题，人体免疫功能会随年龄的增长而降低，从而带来某些疾病。益生菌能加强肠道粘膜屏障，维持酸性环境，从而抑制致病菌的繁殖，同时激活淋巴细胞，提高机体抗病能力。2.4抗过敏功能某些过敏反应的发生是由于肠粘膜屏障功能的崩溃，致使大量抗原侵袭所造成的。益生菌具有调节某些过敏反应的功效，它是通过改善肠粘膜屏障功能的作用来实现的。有关特异治疗和食品过敏反应的研究表明:通过恢复肠粘膜的透过性，调节区域免疫反应及应用能改变食品抗原的微生物，免疫反应能被引导恢复至正常。婴儿发生食物过敏的原因之一为肠道屏障机能不全。近年来，婴幼儿对蛋白质过敏的发病率很高，主要原因之一是初生婴儿的肠道免疫系统尚未成熟，使得蛋白质中容易引起过敏的大分子成分进入血液，产生过敏反应。益生菌能使肠道免疫系统早期建立，肠道屏障机能增强，减缓大分子物质通过。同时，益生菌能分解乳糖为乳酸，对乳糖不耐症有一定的缓解作用。2.5益生菌与胃健康动物试验和人体试验都表明:益生菌或其代谢产物对引起慢性胃炎、胃溃疡和胃癌的幽门螺形杆菌具有抑制作用，它能抑制幽门螺形杆菌的定植及其活性。2.益生菌的其他功能
益生菌对人体的健康促进作用还包括:促进泌尿系统健康;调节体内胆固醇水平;减弱放射性同位素的作用;降低与酒精中毒性肝脏疾病相关的内毒素的作用等。除此之外，益生菌还可通过间接途径作用于人类。例如，在畜牧业中，通过益生菌的应用，可减少动物体内病原体的定植、预防感染、提高生长率、提高牛乳及蛋产量等，从而有益于人类。
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